Semua manuskrip yang dikirimkan ke Jurnal Ilmiah Fillia Cendekia ini harus mengikuti Fokus dan Ruang Lingkup dan Pedoman Penulis (Format Penulisan) jurnal ini. Naskah yang dikirimkan harus memenuhi nilai ilmiah atau kebaruan yang sesuai dengan fokus dan ruang lingkup jurnal ini.

Pemimpin Redaksi dan Redaktur Bagian akan mengevaluasi makalah yang dikirimkan pada tahap prakualifikasi untuk kesesuaian proses peninjauan lebih lanjut. Proses review yang digunakan dalam jurnal ini adalah Double-blind-peer-review. Naskah akan dievaluasi oleh dua peer reviewer yang memenuhi syarat yang dipilih oleh Pemimpin Redaksi dan Editor Bagian. Peer reviewer harus memeriksa naskah dan mengembalikannya dengan rekomendasi mereka kepada Pemimpin Redaksi atau Editor Bagian sesegera mungkin, biasanya dalam waktu 3 minggu. Jika salah satu peer reviewer merekomendasikan penolakan, Pemimpin Redaksi akan meminta reviewer ketiga atau Editor Bagian untuk memutuskan penerimaan atau penolakan makalah. Para pengulas memberikan komentar ilmiah yang berharga untuk meningkatkan isi naskah. Terkadang (jika diperlukan) peer-reviewer ketiga diperlukan untuk memberikan komentar kritis terhadap naskah yang dikirimkan.

Makalah yang perlu direvisi akan dikembalikan kepada penulis, dan penulis harus mengembalikan naskah yang direvisi kepada Pemimpin Redaksi melalui OJS Jurnal Pertanian. Pemimpin Redaksi mengirimkan naskah yang direvisi ke Editor Bagian untuk memeriksa apakah naskah direvisi seperti yang disarankan oleh peer reviewer. Editor Bagian dapat memberikan rekomendasi kepada Pemimpin Redaksi bahwa naskah harus dikembalikan kepada penulis, diterima, atau ditolak dalam waktu 2 minggu. Setelah surat penerimaan dikirim oleh Pemimpin Redaksi, naskah diteruskan ke editor teknis untuk proses pengeditan dan tata letak. Pemimpin Redaksi akan mengirim surat yang mengumumkan masalah publikasi kepada penulis.

Ada empat langkah proses revisi oleh penulis: 1) naskah revisi untuk menampung saran Editor Bagian (langkah prakualifikasi) dalam waktu 2 minggu; 2) naskah revisi untuk mengakomodasi saran peer reviewer dalam waktu 2-4 minggu; 3) revisi untuk mengakomodasi saran Editor Bagian dalam waktu 2-4 minggu (jika ada); dan 4) revisi untuk menampung usulan rapat redaksi dalam waktu 1 minggu (jika ada). Naskah yang melebihi batas waktu revisi akan ditarik. Penulis dapat meminta perpanjangan kepada Pemimpin Redaksi sebelum revisi berakhir. Interval waktu dari tanggal naskah diserahkan ke penerimaan untuk publikasi bervariasi, tergantung pada waktu yang dibutuhkan untuk proses review dan revisi.

Keputusan akhir penerimaan naskah sepenuhnya dibuat oleh Pemimpin Redaksi/Regional (Penanganan) Redaksi (bersama dengan Dewan Redaksi jika diperlukan) sesuai dengan komentar kritis reviewer. Keputusan akhir naskah semata-mata didasarkan pada tinjauan akhir Editor yang mempertimbangkan komentar peer-reviewer (tetapi tidak semata-mata oleh Reviewer).

Publikasi artikel yang diterima termasuk penempatan artikel pada terbitan yang diterbitkan akan dilakukan oleh Pemimpin Redaksi dengan mempertimbangkan urutan tanggal diterima dan distribusi geografis penulis serta isu tematik.